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新的变化。科尔沁部、扎鲁特部在联姻之下归附了后金。土默特、喀喇沁、兀良哈等部为了避免林丹汗的报复，也投奔了后金。1625年，林丹汗出兵嫩江，攻打科尔沁部。后金出兵援助科尔沁，林丹汗退走。后金汗凭借有利的形势，向漠南蒙古动军事攻势，并扫击巴林、巴岳特、乌济业特三部牧地，俘获5。6万多人畜。这是后金军大规模进攻蒙古的开始。此后，又有许多蒙古部落依附后金。林丹汗对待后金由轻慢而转为畏惧。
皇太极继承汗位后，开始进攻蒙古诸部，并威逼到察哈尔部。林丹汗率察哈尔部开始西迁，到宣府、大同塞外。
林丹汗西迁之后，明朝中断抚赏，其内部困难增加，众叛亲离，四面楚歌。在这种况下，皇太极为入主中原解除南下之忧，决定先征服漠南诸部。他率后金军与土默特、喀剌沁、科尔沁等归附的蒙古部落计十万之众，对林丹汗动大规模军事进攻。
1632年4月，皇太极率大军越过兴安岭，多尔衮从征，至西拉木伦河畔，会集蒙古诸部兵，共击林丹汗。面对势力远胜自己的敌军，林丹汗撤退到漠北的喀尔喀部，然而喀尔喀部不愿接纳他。林丹汗无奈驱人畜十余万西逃。1634年，林丹汗在向青海转移时，因天花病死于甘肃大草滩，时年43岁。
林丹汗不仅是察哈尔部的大汗，而且是蒙古各部的宗主。林丹汗死后，身边的部众纷纷降于后金，仅是当年十一月，便有二万余人降金。林丹汗的儿子额哲与母亲叶赫那拉·苏泰带着最后的部众困守在大漠，见大势已去，便带着大元朝传国玉玺投奔皇太极。1636年三月，漠南蒙古十六部49个大小领主齐聚盛京沈阳，承认皇太极为汗，并奉上“博格达·彻辰汗”的尊号。同年，皇太极即皇帝位，改国号为“清”，改元崇德。皇太极将察哈尔部安置于义州，分设左右翼察哈尔八旗，设都统和副都统管辖。整个漠南蒙古完全纳入了后金帝国的版图，蒙古帝国的汗位至此断绝。
林丹汗死后，林丹汗的“八大福晋”归顺后金，皇太极娶囊囊大福晋和窦土门福晋后，囊囊福晋先生下林丹汗的遗腹子阿布奈，并为皇太极生下皇十一子襄昭亲王博穆博果尔，皇十一女固伦端顺公主。皇太极之兄济尔哈朗娶叶赫那拉·苏泰大福晋；七兄阿巴泰娶俄尔哲图福晋；长子豪格娶苔丝娜伯奇福晋；皇太极将高尔土门福晋赐林丹汗属下寨桑祁他特车尔贝为妻；二兄代善娶林丹汗之妹泰松公主；皇太极将次女马喀塔下嫁林丹汗长子额哲；多尔衮娶了林丹汗之女。
皇太极在统一蒙古过程中，以蒙古的传承自居，加强满蒙联盟，合力对付明朝。
在努尔哈赤时代，努尔哈赤不仅娶科尔沁部两贝勒的女儿为妻，他的儿子也相继纳蒙古王公的女儿做妻子。努尔哈赤在位时，同科尔沁联姻10次，其中娶入9次、嫁出1次。皇太极在位时，同科尔沁联姻18次，其中娶入10次、嫁出8次。皇太极的皇后是莽古思贝勒之女，两位爱妃是寨桑贝勒之女，其中就有孝庄皇后博尔济吉特氏，她辅育顺治、康熙两代皇帝，定鼎中原。
皇太极的儿子顺治帝，两位皇后也都出自蒙古科尔沁部。清太祖努尔哈赤、太宗皇太极、世祖顺治和圣祖康熙先后有4位皇后、13位皇妃，出自蒙古科尔沁等部。蒙古科尔沁部博尔济吉特氏影响清初五朝四帝的政治与血缘。清朝也与蒙古察哈尔部不断进行联姻。皇太极先娶察哈尔林丹汗的遗孀窦土门福晋，又娶其遗孀囊囊福晋。
25.第三十三章.蒙古本部，漠南、漠北之战（5）
清朝为便于统治，取消蒙古固有的部落制度，改为盟旗制度，限制其迁移，以便于人员控制。清朝盟旗制度完全仿效满洲人的八旗制度，满族八旗：正黄旗、正白旗、正红旗、正蓝旗、镶黄旗、镶白旗、镶红旗、镶蓝旗（镶旗是：黄白蓝三旗镶红边，红旗镶白边）。这是努尔哈赤创立的图腾结构，因此，满洲人没有地的籍贯，只有旗的籍贯，是一种全民皆兵的军事国家户籍制度。盟旗制度的特点就是八旗制度的特点，蒙古人被纳入组织后，局限在一块狭小的地区，不能选择居住地和牧场。旗跟旗之间也不能有横的来往，连流动于各盟旗间的小贩，都严厉禁止，目的是防止他们暗通消息，联合在一起，集结叛变。“逐水草而居”的时代从此消失，即使遇到荒旱，非清政府批准，不能移动。清朝政治统治蒙古，有两个秘密武器，一是利用喇嘛教，使蒙古人沉湎在宗教里面，不知不觉中丧失战斗精神，这方面的效果是惊人的。另一是用和亲政策，使蒙满合流，把公主大批的嫁给蒙古领，其领本来称可汗，投降满洲人之后，被改封为藩王或公爵，合称为“王公”。满洲人的皇姑、皇妹、皇女之流，大多数都嫁给蒙古王公。清政府的政策是，用科举控制汉人，用婚姻控制蒙古人，结果证明完全成功。公主的儿子自幼随着母亲在外祖父或舅父的皇宫中游戏，长大后自然有一种向心力。
汉朝初年的谋士娄敬，就曾向当时的皇帝刘邦建议的和亲政策可收的效果，在清朝得到全面应验。1690年代，康熙皇帝在多伦诺尔（现内蒙古多伦）用盛大的宴席招待蒙古群臣时，现很多蒙古王公都是他的外甥或外孙，又几乎都是在北京皇宫里长大的，不禁大为得意。清政府虽赐给这些王公们财富和荣耀，巩固其对民众的统治尊严，却对他们仍深谋远虑地细心防范，如不准他们跟汉人来往，不准学习汉文，不准保管汉文图书等。
26.第三十四章.长城外的较量，决战大漠（1）
历史上蒙古民族是由两个基本部分组成的，古代两分为“草原百姓”和“林中百姓”（斡亦剌惕、不里牙惕），到后来分为东部蒙古（中央蒙古）和西部蒙古（以卫拉特为主）。***
西蒙古，在各个历史时期有不同的称谓，元朝称翰亦剌惕，明代称瓦剌，清代称卫拉特，也称厄鲁特、额鲁特或西蒙古、漠西蒙古。国外则称其为卡尔梅克。
明末清初时期，卫拉特蒙古又分为和硕特、准噶尔（绰罗斯、厄鲁特）、土尔扈特、杜尔伯特四部，其中以准噶尔部势力最强。四部牧地大致为：准噶尔部游牧在巴尔喀什湖以东以南及伊犁河流域一带；杜尔伯特部游牧在额尔齐斯河两岸；和硕特部游牧在乌鲁木齐一带；土尔扈特部游牧在塔尔巴合台（现塔城）及其以北一带。1630年代，准噶尔部势力崛起，取代了和硕特部成为四卫拉特联盟的盟主。由于蒙古各部间矛盾很深，相互仇杀，土尔扈特部众，联合杜尔部特的一部分，越过哈萨克草原，远迁到伏尔加河下游，有少部分和硕特部也随之迁徙，又在乾隆时期返回。剩余的杜尔部特部牧附于准噶尔部了，杜尔伯特部中的一支辉特部占领了杜尔伯特部的牧地雅尔（现塔城）。和硕特部在顾实汗的率领下也离开了乌鲁木齐游牧地向东南迁徙到了青海一带，并兴兵入藏，占据了青藏高原。
早在1634年，准噶尔部的领哈喇忽剌去世，其子巴图尔继承他的事业，不断扩张，并在1638年在博克塞里（现博克赛尔蒙古自治县）建立汗廷，1640年，制定《卫拉特法典》，正式建准噶尔部，巴图尔被称为巴图尔珲台吉，1643年，他曾率2000军队驻扎在亚梅什湖，打击俄罗斯的“探险队”，并围困塔拉城堡，威胁到原西伯利亚汗国都秋明城的安全，这时在西伯利亚力量还较为薄弱的俄国，只得暂时停下脚步，开放秋明城作为对准噶尔的贸易站。
巴图尔珲台吉建立的准噶尔部，西面，是卫拉特人的宿敌哈萨克汗国，此时正是骁勇的叶斯穆汗统治时期；西北，俄罗斯帝国灭亡了西伯利亚汗国后稳步推进，已经将势力扩展到亚梅什湖地区，原本臣服于准噶尔的吉尔吉斯人开始向俄国纳贡。
东面，喀尔喀三部汗王不再有西进的意思，但清帝国的版图统一战争已拉开，北元蒙古末代可汗林丹汗败死于皇太极手下，漠南蒙古全境被纳入后金帝国版图，皇太极在1636年接受了“博格达·彻辰汗”尊号，并改国号为“清”，即皇帝位。而之后的1644年，清军入关打败李自成，同年，多尔衮迎顺治帝入关，定都北京。
1648年，巴图尔珲台吉授命喇嘛咱雅班第达将过去的蒙文改造而制定成“托沁”文字，作为准噶尔部的统一文字。1652年，巴图尔珲台吉起倾国之兵远征哈萨克汗国，哈萨克人大败。从此，哈萨克人“在所有事上都仰望着巴图尔珲台吉，并服从他”，并成为准噶尔部的藩属。此时的准噶尔部已控制北及额尔齐斯河流域和鄂毕河中游，西至巴尔喀什湖以东，南至天山北路的广大区域。
1653年，巴图尔珲台吉去世，其第五子僧格继汗位，但其众兄弟不服，起兵反叛，因为内乱，一些原本臣服的部落纷纷脱离控制，而俄罗斯帝国也重新开启了南下的脚步，将准噶尔部的贡民吉尔吉斯人扣留在托木斯克。僧格多次派使者交涉，始终得不到回复。僧格忍无可忍，1667年5月派出4000军队包围了俄国在准噶尔边境的卡拉斯诺亚尔斯克城，洗劫了城郊，杀死并俘虏大量俄国士兵。至十七世纪六十年代，僧格才平定了叛乱，1671年，他被自己的两个哥哥车臣和卓特巴巴图尔暗杀，僧格的三个儿子都年纪幼小，汗位难以得到延续，在准噶尔部将要陷入分裂时，正在西藏当喇嘛的僧格的同母弟弟噶尔丹征得其老师五世**喇嘛的同意还俗。
1670年，26岁的噶尔丹用极快速度赶回准噶尔部，声称奉**喇嘛之命，为兄报仇。在已移居青海的和硕特领鄂齐尔图车臣汗的援助下，聚集了千余骑兵，擒杀了自己的兄长车臣，并将另一个兄长卓特巴巴图尔赶至青海。继位后，噶尔丹迎娶了兄长僧格的妻子阿奴，她是和硕特领鄂齐尔图车臣汗的孙女，由于噶尔丹的即位是建立在和硕特部的帮助之上，汗国实际上有一半的领土在其岳祖父鄂齐尔图车臣汗的控制之下。和硕特部原为卫拉特蒙古四部之，为了巩固自己的权力，1678年，噶尔丹经过多年战争，出兵攻灭和硕特部，杀自己的岳祖父鄂齐尔图车臣汗，灭和硕特之后，自称为“博硕克图汗”。
27.第三十四章.长城外的较量，决战大漠（2）
噶尔丹深受喇嘛教的影响，一直想将自己控治的地区变成一个佛教主导的地区，所以，1680年，噶尔丹亲率12万大军以伊达耶提拉为先锋，兵分三路攻向新疆南部的叶尔羌。由于有白山派教徒的策应，除了在喀什噶尔（现喀什）和叶尔羌城（现叶城县）受到激烈抵抗外，其余各地均是不战而降。叶尔羌伊斯玛伊勒汗子巴巴克苏勒坦率军抵抗，兵败身死，叶尔羌伊斯玛伊勒汗被俘。蒙古察合台汗国的继承者叶尔羌汗国至此灭亡，成为每年向准噶尔缴纳10万两白银、24万斤麦以及其他贡赋的后勤基地。
1682年，噶尔丹再次进攻哈萨克汗国，连下塔什干、塞里木等城，大败头克汗，俘虏其子。1684年，噶尔丹派侄子策妄阿拉布坦第三次征伐哈萨克汗国，迫使其臣服。至1685年，完全占领费尔干。到1686年，噶尔丹控治的准噶尔部，辖境达七百万平方公里，不但包括了现新疆全境，并且包括现中亚五国大部分地区，边境可达黑海沿岸。中亚重要的贸易城市，如撒马尔罕、布哈拉、乌尔根奇均在其掌控之下。〖34〗
1687年，噶尔丹和喀尔喀蒙古四部之一扎萨克图汗部贵族沙喇等在三赫格尔进行结盟，矛头直指喀尔喀蒙古四部之土谢图汗部领察珲多尔济。为了对付土谢图汗部，噶尔丹派侄子杜噶尔阿拉布坦率军与沙喇一起游牧，谨防土谢图汗的进攻，同时，一千多名喇嘛以礼佛为名进入喀尔喀各地，为噶尔丹收集报。1688年正月，土谢图汗部领察珲多尔济率骑兵一万突然杀入扎萨克图汗部，将毫无准备的扎萨克图汗沙喇俘杀，归并了他的部众。因为路途遥远，噶尔丹并不知道自己的盟友已经败亡，还派自己的胞弟多尔吉扎布率400骑兵前去和沙喇联系。这只小部队刚进入扎萨克图汗部便遭遇伏击，被察珲多尔济的人马包围，屠戮殆尽。
盟友被杀，胞弟遇害，噶尔丹勃然大怒，将牙帐迁往科布多（现中国、蒙古、哈萨克斯坦、俄罗斯边境一带），着手准备全面进攻。1688年五月，噶尔丹命侄子策妄阿拉布坦留守科布多，亲率三万军队兵分两路征伐喀尔喀土谢图汗察珲多尔济和哲布尊丹活佛。土谢图汗察珲多尔济此时已经所有能征调的部队全部集中起来，面对着来势汹汹的博硕克图汗噶尔丹，在鄂罗多诺尔摆开了阵势。
1688年8月28日，双方大军展开决战，准噶尔军装备精良，训练有素，而察珲多尔济的部队占有主场优势且人数众多，双方激战三日未分胜负。第三日夜，噶尔丹派奇兵夜袭巴额尔克戴青的营地，一举破之。喀尔喀军阵行大乱，部队失去控制，纷纷四散逃遁。察珲多尔济见大势已去，率残部退至与清朝相邻的苏尼特地区，与哲布尊丹巴活佛会合后向清朝寻求保护。喀尔喀蒙古被噶尔丹击溃后，数十万部众分路东奔，逃到了漠南北部边境一带，给清廷造成了极大的压力。清军曾在1685年及1686年与俄罗斯进行了两次雅克萨之战，前去与俄罗斯谈判的外交使团此时正好路过漠北，他们记述了喀尔喀蒙古战败后的惨状：“马死垂尽，军士步行，粮尽，日止一餐，……饥不可忍，渴更难堪。徒行者多已渴死，参佐章京渴死，无木为棺，又无柴焚化，乃以马粪煨，令半枯，折其骨，裹而归之，军士死则委之而已……”在此况下，喀尔喀蒙古各部落集体归顺清朝，康熙则一面赈济与安抚，并将他们安置在科尔沁一带放牧；另一面则准备对噶尔丹起反击。
而在噶尔丹大军攻入漠北时，喀尔喀蒙古土谢图汗部正在全力抗击沙俄由贝加尔湖向南的侵略扩张，噶尔丹对漠北地区的进攻，不仅使喀尔喀蒙古腹背受敌，而且让清廷与沙俄的谈判中倍感压力。
在噶尔丹扫除一切障碍准备实施自己的计划时，却因多疑埋下了自己日后败亡的种子：随着时间的推移，噶尔丹的侄子，即其兄僧格的三个儿子势力都已壮大，尤其长子策妄阿拉布坦实力最大，按准噶尔法律，策妄阿拉布坦才应是合法的汗位继承人，噶尔丹为使自己的权力不至于旁落，便逐渐打压策妄其侄子阿拉布坦，在1688年，噶尔丹派人在奶茶中下毒，暗杀了策妄阿拉布坦的弟弟索诺布阿拉布坦，这使策妄阿拉布坦感到自身安全难以保障，便在7名僧格旧臣的陪同下，率5千部众，逃至博尔塔拉河一带休养生息。噶尔丹没有将策妄阿拉布坦放在眼里，在征服了自己西方的哈萨克汗国之后，便集结兵马欲与清朝争夺漠南、漠北蒙古的领地，这一举措使自己陷入四面受敌的地步。
28.第三十五章.平准战争，统一蒙古之战（1）
1696年（康熙三十五年），距离皇太极定国号为“清”的1636年正好相差一个甲子。这一年，康熙御驾亲征，并彻底击溃威胁中原的噶尔丹势力。
年幼的康熙十分不幸。康熙的生母佟佳氏只是皇宫中一名不受恩宠的庶妃，隶属汉军八旗，所以，父亲顺治帝对他的到来并不十分在意。一岁多时，他又遭到天花的侵袭，由于害怕传染，他被扔到了当时宫外的一个普通的寺庙“福佑寺”。侥幸活了下来，却从此留下一脸的麻点。康熙八岁丧父，十岁丧母，给他留下很深的心灵创伤。在其祖母孝庄文皇后和德国人汤若望的支持下，康熙被立为储君，8岁即登基。14岁亲政，16岁除掉了顾命大臣鳌拜，从其手中夺回朝廷大权，开始了真正的执政生涯。
康熙一生既受到满洲骑射文化的训练，又受到蒙古草原文化的熏陶，还受到汉族儒家文化的影响，可谓“全能皇帝”。
21年后，康熙皇帝在紫禁城乾清宫布了一道2700字的长篇谕旨，作为对自己一生的执政总结，几乎起到了遗嘱作用。在谕旨中，康熙提到了他一生中最引以为傲的两个主要成就，那就是平定三藩与扫清漠北。所谓的“平定三藩”，指的是1681年剿灭了吴三桂等藩王的叛乱；而“扫清漠北”则是指击溃噶尔丹。
1234年皇金被蒙古灭亡，大部分女真人与汉族融合了，只有散居于松花江流域、黑龙江下游、东临大海的女真人延续下来，满洲即是这部分女真人的后裔。元末明初，一部分女真人南迁，到达今天的吉林省和辽宁省北部、东部一带定居，其中的建州女真成为了满洲的主要成员。
建州领努尔哈赤1616年在赫图阿拉（现辽宁新宾西老城）称汗，建立大金，史称后金。
1626年，努尔哈赤去世，皇太极即位。1635年11月22日，皇太极正式废除女真旧称，定族名满洲，这就是颁金节。
1636年，林丹汗之子察哈尔额哲献大元传国玉玺，皇太极得到了蒙古大汗大统之位，随即在汉、蒙古、朝鲜的拥戴下称帝，改国号为大清，年号崇德。皇太极多次进攻关内，祭祀北京房山金太祖陵。明朝掘了大金国太祖陵，意欲斩断后金“龙脉”。此事后来受到顺治强烈谴责，顺治、康熙、乾隆无一不祭祀金太祖、金世宗陵墓。
1644年，清军入关，席卷大江南北，彻底推翻明朝，建立起幅员辽阔的大清帝国。这也是中国最后一个封建王朝。清朝的建立和展，最终确定了中国现代多民族统一国家的格局。清朝鼎盛时期领土面积1300万平方公里，人口升到3亿，占世界三分之一。
中国历朝历代，边患主要来自北方的游牧民族，清朝虽以游牧起家，但在这点上也不例外。清初时期，北方的主要游牧势力蒙古部落又分成了三大部，一是已经统一的漠南蒙古（现内蒙古一带），二是漠北喀尔喀蒙古（现外蒙古一带），三是游牧于天山以北的漠西蒙古，即卫拉特蒙古。
漠西蒙古中，以准噶尔部势力最强。1690年，康熙皇帝在得知噶尔丹的动向后，命理藩院尚书阿尔尼、兵部尚书纪尔塔布率蒙古各部军两万人为左翼，理藩院侍郎文达、都统额赫纳率军6000余为右翼，向土拉河、克鲁伦河前进夹击噶尔丹。6月21日，清军与准噶尔军终于在乌尔会河遭遇，阿尔尼立即组织进攻，双方第一次交锋的乌尔会大战开始。阿尔尼不懂噶尔丹的战法，见其结阵迎战，便派部队从正面起进攻，并派偏师袭击其后营辎重，但受到噶尔达专门训练的准噶尔军用火枪、弓箭交替射击，清军死伤惨重，根本无法撼动营盘。同时，噶尔丹命主力从山上绕到清军侧后，动突然袭击。清军腹背受敌，死伤不计其数，全面溃败，阿尔尼和纪尔塔布率残部勉强突围逃走。准噶尔军大获全胜，“缴获大车五百多辆以及全部辎重”。这一仗，使得噶尔丹信心大增，率部长驱直入，抵达克什克腾旗的乌兰布通。这里距北京仅700里，北京城里一片慌乱，“京师戒严……城内外典廨尽闭，米价至三两余”。
29.第三十五章.平准战争，统一蒙古之战（2）
8月9日，清朝两路大军10万人先后出。17日康熙皇帝也启程北上，但因患病退回。对于这样人数上的劣势，噶尔丹已经不是第一次遭遇，他选择在乌兰布通驻扎，就是在等待清军前来。
清朝在入关前最初不会制造和使用火器，攻克沈阳、辽阳后，缴获了大批明军的火器，但没有重视，只作为信炮使用。只是在明军红夷大炮轰击下屡屡受挫后，才感到必须掌握火器，他们一方面在军中使用缴获的明军火器，另一方面开始自己制造红夷大炮，后金组织了一批汉人工匠进行试制。1631年2月，后金制成了第一门红衣大炮，即红夷大炮，满人忌讳夷字改称红衣，命名为天佑助威大将军，造炮自此始。两年后，明朝大将孔有德、耿仲明、尚可喜等降清，带来大量火炮。1642年，皇太极命将士及炮匠造炮。这一年，清军在锦州的火炮已有100位之多。清朝入关后，康熙起用比利时传教士南怀仁制造火器，清代火炮制造到康熙朝，共铸各种火炮957尊，在与明朝及准噶尔部的战争起到巨大作用，康熙中叶以后，巨大的火炮、火枪因为皇帝对内的恐惧而禁锢。朝廷担心汉人的火器制造威胁其统治地位，禁止地方自行研制新炮，禁止百姓学习火器铸造技术。国内一派歌舞声平，清朝制炮技术再无展，火枪成为摆设，直至鸦片战争爆，使用的仍是清初的过时火炮。〖35〗
9月3日，清军开始了攻击。乌兰布通背山面水，地势险要，噶尔丹在此布下“驼城”，将大量骆驼横卧于地，上盖以湿毡，背上加箱架，作为工事，从中施放火枪、弓箭。清军起初并未吸取乌尔会之战的教训，用密集的骑兵阵形向准噶尔军阵地起进攻，这正撞在噶尔丹的战法上，在“排枪的强大火力”下，骑兵死伤惨重，清军副统帅、国舅兼内大臣佟国纲被火枪击中战死，清军被迫退出战斗。
随后清军运用大炮猛轰准噶尔的驼阵，准噶尔军随军携带的火炮较少，威力也差很多，无法进行火力压制。结果，驼阵被轰出缺口，清军蜂拥而入，进行贴身肉搏。双方混战一天，各自均有损失，准噶尔军兵少，逐渐不支，但清军仍然不能摧毁准噶尔的抵抗，时至傍晚，双方罢兵。
经过一天鏖战，噶尔丹明白自己无法战胜清军，只能在尚未受到重创时尽快退出战斗。于是先后派西藏的伊拉古克三活佛和济隆活佛到清军大营，面见抚远大将军福全，提出休战，表示愿意撤退到有水草之地等待议和，希望福全能下令清军各部停止攻击。福全也感到准噶尔军骁勇，难以一战而胜，打算等由盛京、乌喇、科尔沁等地前来的援军到来后再进行决战，便同意暂时休战，准备议和。？
噶尔丹争取到休整时间后，于当天夜里，便率部迅速撤离乌兰布通，自什拉磨楞河载水横度大碛山，连夜遁走刚阿脑儿，成功撤离。等到福全现上当，派军追击时，准噶尔军已经远走高飞。由于这次没能一举消灭噶尔丹，康熙极为愤怒，前军主将福全大将军等人都受到了惩处。
乌兰布通大战中，噶尔丹并未受到严重损失，然而在退军的路上天花爆，所率军队在天花肆虐中大量减员，所部仅剩剩几千人。准噶尔部失去了在中亚，叶尔羌，克鲁伦河等征战的精锐士兵。
这一时期，逃至博尔塔拉河一带的僧格的儿子策妄阿拉布坦率军进攻噶尔丹后方，不但将财物、牛羊抢掠一空，还将噶尔丹的妻子阿奴、丹津鄂木布等人全部俘虏带走。控制了北到额尔齐斯河上游，东到乌布苏湖的整个地区，包括吐鲁番、库车等新疆的广大领土，从背后形成了对噶尔丹根据地科布多的包围。
1691年，待回到科布多时，噶尔丹现自己几乎无家可归。这时，青海的和硕特诸台吉对噶尔丹进行援助，将粮食、牲畜和其他物资源源不断送到科布多。同时，派遣使者为噶尔丹和策妄阿拉布坦调解，使双方不再起争端，策妄阿拉布坦归还了噶尔丹的妻子阿奴以及部分人畜。
30.第三十五章.平准战争，统一蒙古之战（3）
1692年5月，康熙皇帝在多伦诺尔会盟喀尔喀诸部，正式将喀尔喀蒙古纳入清帝国的版图，设32旗，分左中右三路。***从1692至1694年，博硕克图汗噶尔丹一直在休养生息，积蓄力量。1695年，恢复了元气的噶尔丹决定再次东进。这一次，他不再寻求和清军的决战，而是积极煽动喀尔喀和漠南蒙古各部反清，并决定挥游牧骑兵的优势，进行运动战，敌少则歼，敌众则退，以此来疲痹清军，迫使其退出喀尔喀。1695年2月，噶尔丹将所有人马召集在空奎、扎布干一带，计有两万余众。5月，从科布多出，途经塔密尔，进入喀尔喀。
这时的清廷早已做好的迎战的准备，经过侦查，并于9月破获了噶尔丹在内蒙古地区的间谍网，伊拉古克三活佛的徒弟卫征喇嘛及罗布藏端罗卜、尼尔巴格隆、尼克塔鄂木布等众多喇嘛被清政府逮捕处决，从此，噶尔丹对于清廷的动作完全失去了掌握。
1695年2月，康熙皇帝再次御驾亲征。此次亲征兵分三路，东路由萨布素负责，率领数千军队驻守蒙古东部，防止噶尔丹向东逃窜；被任命为抚远大将军的费扬古是西路统帅，西路是此次征战的主力，兵力4。6万；中路由康熙亲自率领，兵力约3。3万。
按照事先的部署，中路军在四月初一从北京出，而西路军在三月份分别从宁夏、归化出，五月底中路和西路在土拉河以北会师。
西路军在行进途中因天气恶劣影响了进度，为了避免不能按期到达使得康熙的中路军独自承受巨大的压力，费扬古亲自先率1。4万精锐日夜兼程。
1695年4月末，康熙皇帝的中路大军到达离达尔罕敖拉仅五十里之处，为稳住噶尔丹等待西路军汇合，将长史多禅公主及大量礼物送至噶尔丹军营，表明并无剿灭之心。噶尔丹照单全收，但仍在5月7日西走巴彦乌兰，准备迎击西路军。西路军本是三路清军中实力最为雄厚的，但因为行军路线长，且要穿越沙漠，所以也最为疲惫。5月3日到达土拉河时，仅有先锋部队1。4万人，正好符合噶尔丹敌少则歼的战略。
在康熙所率大军中，也包括蒙古其他诸部军队，与准噶尔部作战时，他们丝毫不会因同语同族而手软。一则准部在蒙古诸部中最为强大，其他各部多惧且恨之；二则在当时蒙古人的心目中，更多的是部族概念。
5月13日，在肯特山南、土拉河北、汉山之东的昭默多，噶尔丹率军与费扬古决战。这一回，准噶尔军先起攻击，围攻清军阵地。而吸收了前两次大战经验的清军此时配备了大量火器，对噶尔丹军造成重大伤亡。混战中，噶尔丹的大妃阿奴“披铜甲，配弓矢”冲锋在前，被清军火炮击中阵亡，同时还有噶尔丹麾下宿将戴巴图尔宰桑、博罗特和卓等相继战死。两军战至傍晚，仍然未分胜负。胶着之时，费扬古派一支奇兵偷袭了噶尔丹后营，准噶尔军大乱，妇女儿童哭喊之声震天动地，战士无心恋战。清军趁势掩杀，获得完胜，准噶尔军被彻底击溃，战死2000余人，被俘3000余人，损失牛羊六万余只。
噶尔丹在五十名护卫的保护下突围撤走，后与丹济拉、丹津鄂木布、伊拉古克三呼活佛汇合，收拢5000余人马，到塔密尔一带休整。？
这时的噶尔丹，几乎拼光了全部实力，连运动战也无法进行，只能打游击。噶尔丹一些手下对前途丧失希望，率部叛走，噶尔丹仅剩不到3000人马。8月，康熙命清军把守住各处前往青海的必经之路后，派理藩院官员二郎保到青海各部传达“不得对噶尔丹进行援助，否则将视为敌人”的诏书。9月，噶尔丹在南疆最后一块根据地哈密的伯克额贝都拉达尔罕谴使进北京表示归顺，并积极协助清军捉拿噶尔丹。10月，噶尔丹一切后援都已经断绝，认为其必然会投降的康熙皇帝派卫拉特人曼济、阿旺丹津招降，噶尔丹拒绝。拒绝投降后，清军的围剿更为严密，噶尔丹部众不但缺乏粮食、马匹，连火药也将用完，噶尔丹之子塞卜腾巴珠尔奉父命在巴尔库尔山打猎时被额贝都拉达尔罕的哨探现行踪，被捕后送往北京。这对于噶尔丹来说，无疑是更为沉重的打击。
31.第三十五章.平准战争，统一蒙古之战（4）
1697年4月4日，在阿尔泰的阿察阿穆塔台，53岁噶尔丹服毒自杀。***1698年秋，僧格的儿子策妄阿拉布坦遣使清朝，献上噶尔丹遗骨，暂时结束了与清朝的战争，策妄阿拉布坦正式登上了大汗的宝座。
策妄阿拉布坦与其子噶尔丹策零统治时期（1698－1745），是准噶尔部的鼎盛阶段，控制新疆、青海、蒙古西部、现哈萨克斯坦等广大地区，人口达到五百余万，拥有三十万大军，数次击败清朝军队。
1716年，策妄阿拉布坦派自己的堂弟大策凌顿多布率军一万包围了俄国亚梅什湖地区的亚梅舍渥要塞，并将俄国所派的援军全歼。强令俄国拆除要塞，撤出自己的领土。俄军3000余人被围困，苦苦支撑，最后撤走时，仅剩700余人。俄国见状连忙派使者切列多夫到准噶尔谈判，策妄阿拉布坦将俄国使者扣押了整整五年。俄国惊讶于这位珲台吉突然的强硬，对叶尔羌地区渗透的步伐先慢了下来。1742年，准噶尔部特使前往彼得堡，向俄国女皇递交了一封信，要求沙皇下令撤出入侵的俄国人员。
1716年底，经过缜密策划，策妄阿拉布坦命大策凌顿多布率军6000以护送拉藏汗长子噶登丹衷及其妻子回藏的名义向西藏进军，控制西藏的青海和硕特部拉藏汗原本想在当雄草原迎战准噶尔军，但却接受了属下错误的建议，全军回师拉萨固守待援，完全放弃了战略主动。1717年11月，准噶尔军兵临城下，将拉萨城围得水泄不通。拉藏汗众叛亲离，各大寺的喇嘛以及下属官员纷纷投降准噶尔军。月底，大策零顿多布指挥全军攻城，不费吹灰之力便攻陷拉萨。拉藏汗战死，长子被杀，次子被俘，和硕特部覆亡。
黄教是清廷赖以安定众蒙古的重要保障，黄教圣地被准噶尔控制无论如何是不能容忍的，康熙皇帝迅速做出了反应。
1718年3月，两路清军向西藏进。策凌顿多布再次挥了他的军事天才，轻松消灭了两路清军。两路人马几乎无人生还，清廷大为震惊。康熙皇帝虽然已进入暮年，但力排众议，决定第二次对藏用兵。
1720年，清军兵分三路进入西藏，大策零顿多布沿途骚扰清军，给予清军重大杀伤，仅在卜克河畔偷袭清军大营，便斩杀数千人。但清军人数众多，齐头并进，并先期占领拉萨，对准噶尔军形成前后夹击之势。寡不敌众的大策零顿多布只得放弃与清军决战的计划，率军撤回准噶尔。经营三年的西藏被清军夺得，控制西藏计划最终成为泡影。
1727年，一支土尔扈特汗国使团来到了伊犁，他们的任务，是代表土尔扈特汗国阿玉奇汗前来商议两国和亲的。可是，使团到达没有多久，62岁的策妄阿拉布坦便突然去世，毫无征兆的暴死在宫帐之中。
噶尔丹策零成为这场惨剧的获益者，铲除了弟弟和后母的势力，成为了准噶尔部第五代汗王，而准噶尔部也进入了鼎盛的噶尔丹策零时代。史书载达到“控弦近百万人，驮马牛羊遍山谷”的局面。伊犁一带成为佛教中心，伊犁河北建有扎尔固寺，河南建有海努克寺，均是“绕垣一里许”的大寺庙。1745年，准噶尔部突然爆大瘟疫，年已50岁的噶尔丹策零虽然到哈萨克地方避痘，但仍然没能逃脱瘟神的加害。9月在回到伊犁后，染病去世。
噶尔丹策零去世后，其子策妄多济那穆扎勒即位，称为阿占汗，阿占汗年少无知不理政务，并且囚禁了替自己管理国家的姐姐鄂兰巴雅尔，致使姐夫萨英博落克杀死阿占汗，另拥立阿占汗的异母兄长喇嘛达尔扎，准噶尔部陷入长年内乱。
内乱又导致更凶残血腥的权位争夺，1752年，僧格的另一个儿子大策零顿多布的孙子达瓦齐联合策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳，消灭萨英博落克和喇嘛达尔扎的势力，达瓦齐自立为汗，这又引起结盟的阿睦尔撒纳的不满。
近百年来，哈萨克汗国一直被准噶尔欺辱。哈萨克汗国阿布赉汗派大军联合阿睦尔撒纳，一齐进兵。达瓦齐不敌，放弃伊犁退往博尔塔拉。哈萨克人在伊犁大肆烧杀，焚毁了金碧辉煌的扎尔固寺和海努克寺，从策妄阿拉布坦时代开始经营的中亚最后一个佛教中心只剩断壁残垣。？
32.第三十五章.平准战争，统一蒙古之战（5）
1755年7月，阿睦尔撒纳率所部两万人向清军投诚。11月，到北京接受乾隆皇帝册封，成为清帝国的亲王，并作为向导进攻准噶尔部，达瓦齐率军抵抗，大小战役数十次，因寡不敌众而败，达瓦齐被俘。随着达瓦齐的迅速败亡，乾隆皇帝赏阿睦尔撒纳亲王双奉，将两路大军撤回，只留定边将军班第、副将军萨喇勒、参赞大臣鄂容安率500兵丁镇( 中国可能进行的六场战争4：不可能的战争（全本） http://www.xlawen.org/kan/3034/ )
皇太极继承汗位后，开始进攻蒙古诸部，并威逼到察哈尔部。林丹汗率察哈尔部开始西迁，到宣府、大同塞外。
林丹汗西迁之后，明朝中断抚赏，其内部困难增加，众叛亲离，四面楚歌。在这种况下，皇太极为入主中原解除南下之忧，决定先征服漠南诸部。他率后金军与土默特、喀剌沁、科尔沁等归附的蒙古部落计十万之众，对林丹汗动大规模军事进攻。
1632年4月，皇太极率大军越过兴安岭，多尔衮从征，至西拉木伦河畔，会集蒙古诸部兵，共击林丹汗。面对势力远胜自己的敌军，林丹汗撤退到漠北的喀尔喀部，然而喀尔喀部不愿接纳他。林丹汗无奈驱人畜十余万西逃。1634年，林丹汗在向青海转移时，因天花病死于甘肃大草滩，时年43岁。
林丹汗不仅是察哈尔部的大汗，而且是蒙古各部的宗主。林丹汗死后，身边的部众纷纷降于后金，仅是当年十一月，便有二万余人降金。林丹汗的儿子额哲与母亲叶赫那拉·苏泰带着最后的部众困守在大漠，见大势已去，便带着大元朝传国玉玺投奔皇太极。1636年三月，漠南蒙古十六部49个大小领主齐聚盛京沈阳，承认皇太极为汗，并奉上“博格达·彻辰汗”的尊号。同年，皇太极即皇帝位，改国号为“清”，改元崇德。皇太极将察哈尔部安置于义州，分设左右翼察哈尔八旗，设都统和副都统管辖。整个漠南蒙古完全纳入了后金帝国的版图，蒙古帝国的汗位至此断绝。
林丹汗死后，林丹汗的“八大福晋”归顺后金，皇太极娶囊囊大福晋和窦土门福晋后，囊囊福晋先生下林丹汗的遗腹子阿布奈，并为皇太极生下皇十一子襄昭亲王博穆博果尔，皇十一女固伦端顺公主。皇太极之兄济尔哈朗娶叶赫那拉·苏泰大福晋；七兄阿巴泰娶俄尔哲图福晋；长子豪格娶苔丝娜伯奇福晋；皇太极将高尔土门福晋赐林丹汗属下寨桑祁他特车尔贝为妻；二兄代善娶林丹汗之妹泰松公主；皇太极将次女马喀塔下嫁林丹汗长子额哲；多尔衮娶了林丹汗之女。
皇太极在统一蒙古过程中，以蒙古的传承自居，加强满蒙联盟，合力对付明朝。
在努尔哈赤时代，努尔哈赤不仅娶科尔沁部两贝勒的女儿为妻，他的儿子也相继纳蒙古王公的女儿做妻子。努尔哈赤在位时，同科尔沁联姻10次，其中娶入9次、嫁出1次。皇太极在位时，同科尔沁联姻18次，其中娶入10次、嫁出8次。皇太极的皇后是莽古思贝勒之女，两位爱妃是寨桑贝勒之女，其中就有孝庄皇后博尔济吉特氏，她辅育顺治、康熙两代皇帝，定鼎中原。
皇太极的儿子顺治帝，两位皇后也都出自蒙古科尔沁部。清太祖努尔哈赤、太宗皇太极、世祖顺治和圣祖康熙先后有4位皇后、13位皇妃，出自蒙古科尔沁等部。蒙古科尔沁部博尔济吉特氏影响清初五朝四帝的政治与血缘。清朝也与蒙古察哈尔部不断进行联姻。皇太极先娶察哈尔林丹汗的遗孀窦土门福晋，又娶其遗孀囊囊福晋。
25.第三十三章.蒙古本部，漠南、漠北之战（5）
清朝为便于统治，取消蒙古固有的部落制度，改为盟旗制度，限制其迁移，以便于人员控制。清朝盟旗制度完全仿效满洲人的八旗制度，满族八旗：正黄旗、正白旗、正红旗、正蓝旗、镶黄旗、镶白旗、镶红旗、镶蓝旗（镶旗是：黄白蓝三旗镶红边，红旗镶白边）。这是努尔哈赤创立的图腾结构，因此，满洲人没有地的籍贯，只有旗的籍贯，是一种全民皆兵的军事国家户籍制度。盟旗制度的特点就是八旗制度的特点，蒙古人被纳入组织后，局限在一块狭小的地区，不能选择居住地和牧场。旗跟旗之间也不能有横的来往，连流动于各盟旗间的小贩，都严厉禁止，目的是防止他们暗通消息，联合在一起，集结叛变。“逐水草而居”的时代从此消失，即使遇到荒旱，非清政府批准，不能移动。清朝政治统治蒙古，有两个秘密武器，一是利用喇嘛教，使蒙古人沉湎在宗教里面，不知不觉中丧失战斗精神，这方面的效果是惊人的。另一是用和亲政策，使蒙满合流，把公主大批的嫁给蒙古领，其领本来称可汗，投降满洲人之后，被改封为藩王或公爵，合称为“王公”。满洲人的皇姑、皇妹、皇女之流，大多数都嫁给蒙古王公。清政府的政策是，用科举控制汉人，用婚姻控制蒙古人，结果证明完全成功。公主的儿子自幼随着母亲在外祖父或舅父的皇宫中游戏，长大后自然有一种向心力。
汉朝初年的谋士娄敬，就曾向当时的皇帝刘邦建议的和亲政策可收的效果，在清朝得到全面应验。1690年代，康熙皇帝在多伦诺尔（现内蒙古多伦）用盛大的宴席招待蒙古群臣时，现很多蒙古王公都是他的外甥或外孙，又几乎都是在北京皇宫里长大的，不禁大为得意。清政府虽赐给这些王公们财富和荣耀，巩固其对民众的统治尊严，却对他们仍深谋远虑地细心防范，如不准他们跟汉人来往，不准学习汉文，不准保管汉文图书等。
26.第三十四章.长城外的较量，决战大漠（1）
历史上蒙古民族是由两个基本部分组成的，古代两分为“草原百姓”和“林中百姓”（斡亦剌惕、不里牙惕），到后来分为东部蒙古（中央蒙古）和西部蒙古（以卫拉特为主）。***
西蒙古，在各个历史时期有不同的称谓，元朝称翰亦剌惕，明代称瓦剌，清代称卫拉特，也称厄鲁特、额鲁特或西蒙古、漠西蒙古。国外则称其为卡尔梅克。
明末清初时期，卫拉特蒙古又分为和硕特、准噶尔（绰罗斯、厄鲁特）、土尔扈特、杜尔伯特四部，其中以准噶尔部势力最强。四部牧地大致为：准噶尔部游牧在巴尔喀什湖以东以南及伊犁河流域一带；杜尔伯特部游牧在额尔齐斯河两岸；和硕特部游牧在乌鲁木齐一带；土尔扈特部游牧在塔尔巴合台（现塔城）及其以北一带。1630年代，准噶尔部势力崛起，取代了和硕特部成为四卫拉特联盟的盟主。由于蒙古各部间矛盾很深，相互仇杀，土尔扈特部众，联合杜尔部特的一部分，越过哈萨克草原，远迁到伏尔加河下游，有少部分和硕特部也随之迁徙，又在乾隆时期返回。剩余的杜尔部特部牧附于准噶尔部了，杜尔伯特部中的一支辉特部占领了杜尔伯特部的牧地雅尔（现塔城）。和硕特部在顾实汗的率领下也离开了乌鲁木齐游牧地向东南迁徙到了青海一带，并兴兵入藏，占据了青藏高原。
早在1634年，准噶尔部的领哈喇忽剌去世，其子巴图尔继承他的事业，不断扩张，并在1638年在博克塞里（现博克赛尔蒙古自治县）建立汗廷，1640年，制定《卫拉特法典》，正式建准噶尔部，巴图尔被称为巴图尔珲台吉，1643年，他曾率2000军队驻扎在亚梅什湖，打击俄罗斯的“探险队”，并围困塔拉城堡，威胁到原西伯利亚汗国都秋明城的安全，这时在西伯利亚力量还较为薄弱的俄国，只得暂时停下脚步，开放秋明城作为对准噶尔的贸易站。
巴图尔珲台吉建立的准噶尔部，西面，是卫拉特人的宿敌哈萨克汗国，此时正是骁勇的叶斯穆汗统治时期；西北，俄罗斯帝国灭亡了西伯利亚汗国后稳步推进，已经将势力扩展到亚梅什湖地区，原本臣服于准噶尔的吉尔吉斯人开始向俄国纳贡。
东面，喀尔喀三部汗王不再有西进的意思，但清帝国的版图统一战争已拉开，北元蒙古末代可汗林丹汗败死于皇太极手下，漠南蒙古全境被纳入后金帝国版图，皇太极在1636年接受了“博格达·彻辰汗”尊号，并改国号为“清”，即皇帝位。而之后的1644年，清军入关打败李自成，同年，多尔衮迎顺治帝入关，定都北京。
1648年，巴图尔珲台吉授命喇嘛咱雅班第达将过去的蒙文改造而制定成“托沁”文字，作为准噶尔部的统一文字。1652年，巴图尔珲台吉起倾国之兵远征哈萨克汗国，哈萨克人大败。从此，哈萨克人“在所有事上都仰望着巴图尔珲台吉，并服从他”，并成为准噶尔部的藩属。此时的准噶尔部已控制北及额尔齐斯河流域和鄂毕河中游，西至巴尔喀什湖以东，南至天山北路的广大区域。
1653年，巴图尔珲台吉去世，其第五子僧格继汗位，但其众兄弟不服，起兵反叛，因为内乱，一些原本臣服的部落纷纷脱离控制，而俄罗斯帝国也重新开启了南下的脚步，将准噶尔部的贡民吉尔吉斯人扣留在托木斯克。僧格多次派使者交涉，始终得不到回复。僧格忍无可忍，1667年5月派出4000军队包围了俄国在准噶尔边境的卡拉斯诺亚尔斯克城，洗劫了城郊，杀死并俘虏大量俄国士兵。至十七世纪六十年代，僧格才平定了叛乱，1671年，他被自己的两个哥哥车臣和卓特巴巴图尔暗杀，僧格的三个儿子都年纪幼小，汗位难以得到延续，在准噶尔部将要陷入分裂时，正在西藏当喇嘛的僧格的同母弟弟噶尔丹征得其老师五世**喇嘛的同意还俗。
1670年，26岁的噶尔丹用极快速度赶回准噶尔部，声称奉**喇嘛之命，为兄报仇。在已移居青海的和硕特领鄂齐尔图车臣汗的援助下，聚集了千余骑兵，擒杀了自己的兄长车臣，并将另一个兄长卓特巴巴图尔赶至青海。继位后，噶尔丹迎娶了兄长僧格的妻子阿奴，她是和硕特领鄂齐尔图车臣汗的孙女，由于噶尔丹的即位是建立在和硕特部的帮助之上，汗国实际上有一半的领土在其岳祖父鄂齐尔图车臣汗的控制之下。和硕特部原为卫拉特蒙古四部之，为了巩固自己的权力，1678年，噶尔丹经过多年战争，出兵攻灭和硕特部，杀自己的岳祖父鄂齐尔图车臣汗，灭和硕特之后，自称为“博硕克图汗”。
27.第三十四章.长城外的较量，决战大漠（2）
噶尔丹深受喇嘛教的影响，一直想将自己控治的地区变成一个佛教主导的地区，所以，1680年，噶尔丹亲率12万大军以伊达耶提拉为先锋，兵分三路攻向新疆南部的叶尔羌。由于有白山派教徒的策应，除了在喀什噶尔（现喀什）和叶尔羌城（现叶城县）受到激烈抵抗外，其余各地均是不战而降。叶尔羌伊斯玛伊勒汗子巴巴克苏勒坦率军抵抗，兵败身死，叶尔羌伊斯玛伊勒汗被俘。蒙古察合台汗国的继承者叶尔羌汗国至此灭亡，成为每年向准噶尔缴纳10万两白银、24万斤麦以及其他贡赋的后勤基地。
1682年，噶尔丹再次进攻哈萨克汗国，连下塔什干、塞里木等城，大败头克汗，俘虏其子。1684年，噶尔丹派侄子策妄阿拉布坦第三次征伐哈萨克汗国，迫使其臣服。至1685年，完全占领费尔干。到1686年，噶尔丹控治的准噶尔部，辖境达七百万平方公里，不但包括了现新疆全境，并且包括现中亚五国大部分地区，边境可达黑海沿岸。中亚重要的贸易城市，如撒马尔罕、布哈拉、乌尔根奇均在其掌控之下。〖34〗
1687年，噶尔丹和喀尔喀蒙古四部之一扎萨克图汗部贵族沙喇等在三赫格尔进行结盟，矛头直指喀尔喀蒙古四部之土谢图汗部领察珲多尔济。为了对付土谢图汗部，噶尔丹派侄子杜噶尔阿拉布坦率军与沙喇一起游牧，谨防土谢图汗的进攻，同时，一千多名喇嘛以礼佛为名进入喀尔喀各地，为噶尔丹收集报。1688年正月，土谢图汗部领察珲多尔济率骑兵一万突然杀入扎萨克图汗部，将毫无准备的扎萨克图汗沙喇俘杀，归并了他的部众。因为路途遥远，噶尔丹并不知道自己的盟友已经败亡，还派自己的胞弟多尔吉扎布率400骑兵前去和沙喇联系。这只小部队刚进入扎萨克图汗部便遭遇伏击，被察珲多尔济的人马包围，屠戮殆尽。
盟友被杀，胞弟遇害，噶尔丹勃然大怒，将牙帐迁往科布多（现中国、蒙古、哈萨克斯坦、俄罗斯边境一带），着手准备全面进攻。1688年五月，噶尔丹命侄子策妄阿拉布坦留守科布多，亲率三万军队兵分两路征伐喀尔喀土谢图汗察珲多尔济和哲布尊丹活佛。土谢图汗察珲多尔济此时已经所有能征调的部队全部集中起来，面对着来势汹汹的博硕克图汗噶尔丹，在鄂罗多诺尔摆开了阵势。
1688年8月28日，双方大军展开决战，准噶尔军装备精良，训练有素，而察珲多尔济的部队占有主场优势且人数众多，双方激战三日未分胜负。第三日夜，噶尔丹派奇兵夜袭巴额尔克戴青的营地，一举破之。喀尔喀军阵行大乱，部队失去控制，纷纷四散逃遁。察珲多尔济见大势已去，率残部退至与清朝相邻的苏尼特地区，与哲布尊丹巴活佛会合后向清朝寻求保护。喀尔喀蒙古被噶尔丹击溃后，数十万部众分路东奔，逃到了漠南北部边境一带，给清廷造成了极大的压力。清军曾在1685年及1686年与俄罗斯进行了两次雅克萨之战，前去与俄罗斯谈判的外交使团此时正好路过漠北，他们记述了喀尔喀蒙古战败后的惨状：“马死垂尽，军士步行，粮尽，日止一餐，……饥不可忍，渴更难堪。徒行者多已渴死，参佐章京渴死，无木为棺，又无柴焚化，乃以马粪煨，令半枯，折其骨，裹而归之，军士死则委之而已……”在此况下，喀尔喀蒙古各部落集体归顺清朝，康熙则一面赈济与安抚，并将他们安置在科尔沁一带放牧；另一面则准备对噶尔丹起反击。
而在噶尔丹大军攻入漠北时，喀尔喀蒙古土谢图汗部正在全力抗击沙俄由贝加尔湖向南的侵略扩张，噶尔丹对漠北地区的进攻，不仅使喀尔喀蒙古腹背受敌，而且让清廷与沙俄的谈判中倍感压力。
在噶尔丹扫除一切障碍准备实施自己的计划时，却因多疑埋下了自己日后败亡的种子：随着时间的推移，噶尔丹的侄子，即其兄僧格的三个儿子势力都已壮大，尤其长子策妄阿拉布坦实力最大，按准噶尔法律，策妄阿拉布坦才应是合法的汗位继承人，噶尔丹为使自己的权力不至于旁落，便逐渐打压策妄其侄子阿拉布坦，在1688年，噶尔丹派人在奶茶中下毒，暗杀了策妄阿拉布坦的弟弟索诺布阿拉布坦，这使策妄阿拉布坦感到自身安全难以保障，便在7名僧格旧臣的陪同下，率5千部众，逃至博尔塔拉河一带休养生息。噶尔丹没有将策妄阿拉布坦放在眼里，在征服了自己西方的哈萨克汗国之后，便集结兵马欲与清朝争夺漠南、漠北蒙古的领地，这一举措使自己陷入四面受敌的地步。
28.第三十五章.平准战争，统一蒙古之战（1）
1696年（康熙三十五年），距离皇太极定国号为“清”的1636年正好相差一个甲子。这一年，康熙御驾亲征，并彻底击溃威胁中原的噶尔丹势力。
年幼的康熙十分不幸。康熙的生母佟佳氏只是皇宫中一名不受恩宠的庶妃，隶属汉军八旗，所以，父亲顺治帝对他的到来并不十分在意。一岁多时，他又遭到天花的侵袭，由于害怕传染，他被扔到了当时宫外的一个普通的寺庙“福佑寺”。侥幸活了下来，却从此留下一脸的麻点。康熙八岁丧父，十岁丧母，给他留下很深的心灵创伤。在其祖母孝庄文皇后和德国人汤若望的支持下，康熙被立为储君，8岁即登基。14岁亲政，16岁除掉了顾命大臣鳌拜，从其手中夺回朝廷大权，开始了真正的执政生涯。
康熙一生既受到满洲骑射文化的训练，又受到蒙古草原文化的熏陶，还受到汉族儒家文化的影响，可谓“全能皇帝”。
21年后，康熙皇帝在紫禁城乾清宫布了一道2700字的长篇谕旨，作为对自己一生的执政总结，几乎起到了遗嘱作用。在谕旨中，康熙提到了他一生中最引以为傲的两个主要成就，那就是平定三藩与扫清漠北。所谓的“平定三藩”，指的是1681年剿灭了吴三桂等藩王的叛乱；而“扫清漠北”则是指击溃噶尔丹。
1234年皇金被蒙古灭亡，大部分女真人与汉族融合了，只有散居于松花江流域、黑龙江下游、东临大海的女真人延续下来，满洲即是这部分女真人的后裔。元末明初，一部分女真人南迁，到达今天的吉林省和辽宁省北部、东部一带定居，其中的建州女真成为了满洲的主要成员。
建州领努尔哈赤1616年在赫图阿拉（现辽宁新宾西老城）称汗，建立大金，史称后金。
1626年，努尔哈赤去世，皇太极即位。1635年11月22日，皇太极正式废除女真旧称，定族名满洲，这就是颁金节。
1636年，林丹汗之子察哈尔额哲献大元传国玉玺，皇太极得到了蒙古大汗大统之位，随即在汉、蒙古、朝鲜的拥戴下称帝，改国号为大清，年号崇德。皇太极多次进攻关内，祭祀北京房山金太祖陵。明朝掘了大金国太祖陵，意欲斩断后金“龙脉”。此事后来受到顺治强烈谴责，顺治、康熙、乾隆无一不祭祀金太祖、金世宗陵墓。
1644年，清军入关，席卷大江南北，彻底推翻明朝，建立起幅员辽阔的大清帝国。这也是中国最后一个封建王朝。清朝的建立和展，最终确定了中国现代多民族统一国家的格局。清朝鼎盛时期领土面积1300万平方公里，人口升到3亿，占世界三分之一。
中国历朝历代，边患主要来自北方的游牧民族，清朝虽以游牧起家，但在这点上也不例外。清初时期，北方的主要游牧势力蒙古部落又分成了三大部，一是已经统一的漠南蒙古（现内蒙古一带），二是漠北喀尔喀蒙古（现外蒙古一带），三是游牧于天山以北的漠西蒙古，即卫拉特蒙古。
漠西蒙古中，以准噶尔部势力最强。1690年，康熙皇帝在得知噶尔丹的动向后，命理藩院尚书阿尔尼、兵部尚书纪尔塔布率蒙古各部军两万人为左翼，理藩院侍郎文达、都统额赫纳率军6000余为右翼，向土拉河、克鲁伦河前进夹击噶尔丹。6月21日，清军与准噶尔军终于在乌尔会河遭遇，阿尔尼立即组织进攻，双方第一次交锋的乌尔会大战开始。阿尔尼不懂噶尔丹的战法，见其结阵迎战，便派部队从正面起进攻，并派偏师袭击其后营辎重，但受到噶尔达专门训练的准噶尔军用火枪、弓箭交替射击，清军死伤惨重，根本无法撼动营盘。同时，噶尔丹命主力从山上绕到清军侧后，动突然袭击。清军腹背受敌，死伤不计其数，全面溃败，阿尔尼和纪尔塔布率残部勉强突围逃走。准噶尔军大获全胜，“缴获大车五百多辆以及全部辎重”。这一仗，使得噶尔丹信心大增，率部长驱直入，抵达克什克腾旗的乌兰布通。这里距北京仅700里，北京城里一片慌乱，“京师戒严……城内外典廨尽闭，米价至三两余”。
29.第三十五章.平准战争，统一蒙古之战（2）
8月9日，清朝两路大军10万人先后出。17日康熙皇帝也启程北上，但因患病退回。对于这样人数上的劣势，噶尔丹已经不是第一次遭遇，他选择在乌兰布通驻扎，就是在等待清军前来。
清朝在入关前最初不会制造和使用火器，攻克沈阳、辽阳后，缴获了大批明军的火器，但没有重视，只作为信炮使用。只是在明军红夷大炮轰击下屡屡受挫后，才感到必须掌握火器，他们一方面在军中使用缴获的明军火器，另一方面开始自己制造红夷大炮，后金组织了一批汉人工匠进行试制。1631年2月，后金制成了第一门红衣大炮，即红夷大炮，满人忌讳夷字改称红衣，命名为天佑助威大将军，造炮自此始。两年后，明朝大将孔有德、耿仲明、尚可喜等降清，带来大量火炮。1642年，皇太极命将士及炮匠造炮。这一年，清军在锦州的火炮已有100位之多。清朝入关后，康熙起用比利时传教士南怀仁制造火器，清代火炮制造到康熙朝，共铸各种火炮957尊，在与明朝及准噶尔部的战争起到巨大作用，康熙中叶以后，巨大的火炮、火枪因为皇帝对内的恐惧而禁锢。朝廷担心汉人的火器制造威胁其统治地位，禁止地方自行研制新炮，禁止百姓学习火器铸造技术。国内一派歌舞声平，清朝制炮技术再无展，火枪成为摆设，直至鸦片战争爆，使用的仍是清初的过时火炮。〖35〗
9月3日，清军开始了攻击。乌兰布通背山面水，地势险要，噶尔丹在此布下“驼城”，将大量骆驼横卧于地，上盖以湿毡，背上加箱架，作为工事，从中施放火枪、弓箭。清军起初并未吸取乌尔会之战的教训，用密集的骑兵阵形向准噶尔军阵地起进攻，这正撞在噶尔丹的战法上，在“排枪的强大火力”下，骑兵死伤惨重，清军副统帅、国舅兼内大臣佟国纲被火枪击中战死，清军被迫退出战斗。
随后清军运用大炮猛轰准噶尔的驼阵，准噶尔军随军携带的火炮较少，威力也差很多，无法进行火力压制。结果，驼阵被轰出缺口，清军蜂拥而入，进行贴身肉搏。双方混战一天，各自均有损失，准噶尔军兵少，逐渐不支，但清军仍然不能摧毁准噶尔的抵抗，时至傍晚，双方罢兵。
经过一天鏖战，噶尔丹明白自己无法战胜清军，只能在尚未受到重创时尽快退出战斗。于是先后派西藏的伊拉古克三活佛和济隆活佛到清军大营，面见抚远大将军福全，提出休战，表示愿意撤退到有水草之地等待议和，希望福全能下令清军各部停止攻击。福全也感到准噶尔军骁勇，难以一战而胜，打算等由盛京、乌喇、科尔沁等地前来的援军到来后再进行决战，便同意暂时休战，准备议和。？
噶尔丹争取到休整时间后，于当天夜里，便率部迅速撤离乌兰布通，自什拉磨楞河载水横度大碛山，连夜遁走刚阿脑儿，成功撤离。等到福全现上当，派军追击时，准噶尔军已经远走高飞。由于这次没能一举消灭噶尔丹，康熙极为愤怒，前军主将福全大将军等人都受到了惩处。
乌兰布通大战中，噶尔丹并未受到严重损失，然而在退军的路上天花爆，所率军队在天花肆虐中大量减员，所部仅剩剩几千人。准噶尔部失去了在中亚，叶尔羌，克鲁伦河等征战的精锐士兵。
这一时期，逃至博尔塔拉河一带的僧格的儿子策妄阿拉布坦率军进攻噶尔丹后方，不但将财物、牛羊抢掠一空，还将噶尔丹的妻子阿奴、丹津鄂木布等人全部俘虏带走。控制了北到额尔齐斯河上游，东到乌布苏湖的整个地区，包括吐鲁番、库车等新疆的广大领土，从背后形成了对噶尔丹根据地科布多的包围。
1691年，待回到科布多时，噶尔丹现自己几乎无家可归。这时，青海的和硕特诸台吉对噶尔丹进行援助，将粮食、牲畜和其他物资源源不断送到科布多。同时，派遣使者为噶尔丹和策妄阿拉布坦调解，使双方不再起争端，策妄阿拉布坦归还了噶尔丹的妻子阿奴以及部分人畜。
30.第三十五章.平准战争，统一蒙古之战（3）
1692年5月，康熙皇帝在多伦诺尔会盟喀尔喀诸部，正式将喀尔喀蒙古纳入清帝国的版图，设32旗，分左中右三路。***从1692至1694年，博硕克图汗噶尔丹一直在休养生息，积蓄力量。1695年，恢复了元气的噶尔丹决定再次东进。这一次，他不再寻求和清军的决战，而是积极煽动喀尔喀和漠南蒙古各部反清，并决定挥游牧骑兵的优势，进行运动战，敌少则歼，敌众则退，以此来疲痹清军，迫使其退出喀尔喀。1695年2月，噶尔丹将所有人马召集在空奎、扎布干一带，计有两万余众。5月，从科布多出，途经塔密尔，进入喀尔喀。
这时的清廷早已做好的迎战的准备，经过侦查，并于9月破获了噶尔丹在内蒙古地区的间谍网，伊拉古克三活佛的徒弟卫征喇嘛及罗布藏端罗卜、尼尔巴格隆、尼克塔鄂木布等众多喇嘛被清政府逮捕处决，从此，噶尔丹对于清廷的动作完全失去了掌握。
1695年2月，康熙皇帝再次御驾亲征。此次亲征兵分三路，东路由萨布素负责，率领数千军队驻守蒙古东部，防止噶尔丹向东逃窜；被任命为抚远大将军的费扬古是西路统帅，西路是此次征战的主力，兵力4。6万；中路由康熙亲自率领，兵力约3。3万。
按照事先的部署，中路军在四月初一从北京出，而西路军在三月份分别从宁夏、归化出，五月底中路和西路在土拉河以北会师。
西路军在行进途中因天气恶劣影响了进度，为了避免不能按期到达使得康熙的中路军独自承受巨大的压力，费扬古亲自先率1。4万精锐日夜兼程。
1695年4月末，康熙皇帝的中路大军到达离达尔罕敖拉仅五十里之处，为稳住噶尔丹等待西路军汇合，将长史多禅公主及大量礼物送至噶尔丹军营，表明并无剿灭之心。噶尔丹照单全收，但仍在5月7日西走巴彦乌兰，准备迎击西路军。西路军本是三路清军中实力最为雄厚的，但因为行军路线长，且要穿越沙漠，所以也最为疲惫。5月3日到达土拉河时，仅有先锋部队1。4万人，正好符合噶尔丹敌少则歼的战略。
在康熙所率大军中，也包括蒙古其他诸部军队，与准噶尔部作战时，他们丝毫不会因同语同族而手软。一则准部在蒙古诸部中最为强大，其他各部多惧且恨之；二则在当时蒙古人的心目中，更多的是部族概念。
5月13日，在肯特山南、土拉河北、汉山之东的昭默多，噶尔丹率军与费扬古决战。这一回，准噶尔军先起攻击，围攻清军阵地。而吸收了前两次大战经验的清军此时配备了大量火器，对噶尔丹军造成重大伤亡。混战中，噶尔丹的大妃阿奴“披铜甲，配弓矢”冲锋在前，被清军火炮击中阵亡，同时还有噶尔丹麾下宿将戴巴图尔宰桑、博罗特和卓等相继战死。两军战至傍晚，仍然未分胜负。胶着之时，费扬古派一支奇兵偷袭了噶尔丹后营，准噶尔军大乱，妇女儿童哭喊之声震天动地，战士无心恋战。清军趁势掩杀，获得完胜，准噶尔军被彻底击溃，战死2000余人，被俘3000余人，损失牛羊六万余只。
噶尔丹在五十名护卫的保护下突围撤走，后与丹济拉、丹津鄂木布、伊拉古克三呼活佛汇合，收拢5000余人马，到塔密尔一带休整。？
这时的噶尔丹，几乎拼光了全部实力，连运动战也无法进行，只能打游击。噶尔丹一些手下对前途丧失希望，率部叛走，噶尔丹仅剩不到3000人马。8月，康熙命清军把守住各处前往青海的必经之路后，派理藩院官员二郎保到青海各部传达“不得对噶尔丹进行援助，否则将视为敌人”的诏书。9月，噶尔丹在南疆最后一块根据地哈密的伯克额贝都拉达尔罕谴使进北京表示归顺，并积极协助清军捉拿噶尔丹。10月，噶尔丹一切后援都已经断绝，认为其必然会投降的康熙皇帝派卫拉特人曼济、阿旺丹津招降，噶尔丹拒绝。拒绝投降后，清军的围剿更为严密，噶尔丹部众不但缺乏粮食、马匹，连火药也将用完，噶尔丹之子塞卜腾巴珠尔奉父命在巴尔库尔山打猎时被额贝都拉达尔罕的哨探现行踪，被捕后送往北京。这对于噶尔丹来说，无疑是更为沉重的打击。
31.第三十五章.平准战争，统一蒙古之战（4）
1697年4月4日，在阿尔泰的阿察阿穆塔台，53岁噶尔丹服毒自杀。***1698年秋，僧格的儿子策妄阿拉布坦遣使清朝，献上噶尔丹遗骨，暂时结束了与清朝的战争，策妄阿拉布坦正式登上了大汗的宝座。
策妄阿拉布坦与其子噶尔丹策零统治时期（1698－1745），是准噶尔部的鼎盛阶段，控制新疆、青海、蒙古西部、现哈萨克斯坦等广大地区，人口达到五百余万，拥有三十万大军，数次击败清朝军队。
1716年，策妄阿拉布坦派自己的堂弟大策凌顿多布率军一万包围了俄国亚梅什湖地区的亚梅舍渥要塞，并将俄国所派的援军全歼。强令俄国拆除要塞，撤出自己的领土。俄军3000余人被围困，苦苦支撑，最后撤走时，仅剩700余人。俄国见状连忙派使者切列多夫到准噶尔谈判，策妄阿拉布坦将俄国使者扣押了整整五年。俄国惊讶于这位珲台吉突然的强硬，对叶尔羌地区渗透的步伐先慢了下来。1742年，准噶尔部特使前往彼得堡，向俄国女皇递交了一封信，要求沙皇下令撤出入侵的俄国人员。
1716年底，经过缜密策划，策妄阿拉布坦命大策凌顿多布率军6000以护送拉藏汗长子噶登丹衷及其妻子回藏的名义向西藏进军，控制西藏的青海和硕特部拉藏汗原本想在当雄草原迎战准噶尔军，但却接受了属下错误的建议，全军回师拉萨固守待援，完全放弃了战略主动。1717年11月，准噶尔军兵临城下，将拉萨城围得水泄不通。拉藏汗众叛亲离，各大寺的喇嘛以及下属官员纷纷投降准噶尔军。月底，大策零顿多布指挥全军攻城，不费吹灰之力便攻陷拉萨。拉藏汗战死，长子被杀，次子被俘，和硕特部覆亡。
黄教是清廷赖以安定众蒙古的重要保障，黄教圣地被准噶尔控制无论如何是不能容忍的，康熙皇帝迅速做出了反应。
1718年3月，两路清军向西藏进。策凌顿多布再次挥了他的军事天才，轻松消灭了两路清军。两路人马几乎无人生还，清廷大为震惊。康熙皇帝虽然已进入暮年，但力排众议，决定第二次对藏用兵。
1720年，清军兵分三路进入西藏，大策零顿多布沿途骚扰清军，给予清军重大杀伤，仅在卜克河畔偷袭清军大营，便斩杀数千人。但清军人数众多，齐头并进，并先期占领拉萨，对准噶尔军形成前后夹击之势。寡不敌众的大策零顿多布只得放弃与清军决战的计划，率军撤回准噶尔。经营三年的西藏被清军夺得，控制西藏计划最终成为泡影。
1727年，一支土尔扈特汗国使团来到了伊犁，他们的任务，是代表土尔扈特汗国阿玉奇汗前来商议两国和亲的。可是，使团到达没有多久，62岁的策妄阿拉布坦便突然去世，毫无征兆的暴死在宫帐之中。
噶尔丹策零成为这场惨剧的获益者，铲除了弟弟和后母的势力，成为了准噶尔部第五代汗王，而准噶尔部也进入了鼎盛的噶尔丹策零时代。史书载达到“控弦近百万人，驮马牛羊遍山谷”的局面。伊犁一带成为佛教中心，伊犁河北建有扎尔固寺，河南建有海努克寺，均是“绕垣一里许”的大寺庙。1745年，准噶尔部突然爆大瘟疫，年已50岁的噶尔丹策零虽然到哈萨克地方避痘，但仍然没能逃脱瘟神的加害。9月在回到伊犁后，染病去世。
噶尔丹策零去世后，其子策妄多济那穆扎勒即位，称为阿占汗，阿占汗年少无知不理政务，并且囚禁了替自己管理国家的姐姐鄂兰巴雅尔，致使姐夫萨英博落克杀死阿占汗，另拥立阿占汗的异母兄长喇嘛达尔扎，准噶尔部陷入长年内乱。
内乱又导致更凶残血腥的权位争夺，1752年，僧格的另一个儿子大策零顿多布的孙子达瓦齐联合策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳，消灭萨英博落克和喇嘛达尔扎的势力，达瓦齐自立为汗，这又引起结盟的阿睦尔撒纳的不满。
近百年来，哈萨克汗国一直被准噶尔欺辱。哈萨克汗国阿布赉汗派大军联合阿睦尔撒纳，一齐进兵。达瓦齐不敌，放弃伊犁退往博尔塔拉。哈萨克人在伊犁大肆烧杀，焚毁了金碧辉煌的扎尔固寺和海努克寺，从策妄阿拉布坦时代开始经营的中亚最后一个佛教中心只剩断壁残垣。？
32.第三十五章.平准战争，统一蒙古之战（5）
1755年7月，阿睦尔撒纳率所部两万人向清军投诚。11月，到北京接受乾隆皇帝册封，成为清帝国的亲王，并作为向导进攻准噶尔部，达瓦齐率军抵抗，大小战役数十次，因寡不敌众而败，达瓦齐被俘。随着达瓦齐的迅速败亡，乾隆皇帝赏阿睦尔撒纳亲王双奉，将两路大军撤回，只留定边将军班第、副将军萨喇勒、参赞大臣鄂容安率500兵丁镇( 中国可能进行的六场战争4：不可能的战争（全本） http://www.xlawen.org/kan/3034/ )